Sumber gambar: wiki.fysik.dtu.dk/ase2/MMTK
Kepada sesupuh guru kimia komputasi saya
di Universitas Gadjah Mada (Prof. Harno DP, Dr. Ria Armunanto, Dr, Iqmal Tahir)
dan temen plus guru saya juga (Pak
Kasmui di UNNES, Pak Ponco Iswanto di Unsoed, Pak Yahmin di UNM, Pak Wayan
Sutapa di UNPATTI Ambon), mohon koreksi jika ada yang keliru dalam pembahasan
setiap tulisan di blog ini yang terkait kimia komputasi.
File pdb (protein data bank) dan xyz
adalah file tentang pemodelan molekul yang berupa struktur data koordinat
atom-atom dalam molekul secara 3 dimensi (3D) dengan pengarutan parameter
tertentu. File ini dapat dibuka dan diedit untuk tujuan tertentu dengan
menggunakan beberapa software kimia. Namun kebanyakan untuk aplikasi kimia
viewer molekul sudah bisa digunakan untuk menampilkan file-file tersebut.
Seperti Hyperchem, ChemSketch (dengan 3D Viewernya) JMol, Rasmol, dan
lain-lainnya. Beberapa dari software yang saya sebut sudah sedikit saya tulis
tutorialnya.
Tidak sulit untuk mencari molekul-molekul
senyawa tertentu apa lagi sudah umum, hanya saja kita sering harus mengunduhnya
satu per satu dan banyak klik sana-sini. Kebetulan saya mendapatkan pranala
(link) beberapa file pdb dan xyz dari Unical (Università della Calabria)
di Italia. Ini memang hanya sekedar memforward apa yang saya dapat, dengan
harapan rekan-rekan guru kimia (seperti saya yang masih awam tentang kimia
komputasi) mudah untuk belajar lebih lanjut.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar