Pemodelan Molekuler dengan Tinker via FFE (Force Field Explorer)

Molekul enkephalin

Ada beberapa aplikasi untuk pemodelan molekuler, beberapa di antaranya sudah sedikit saya tulis di blog ini. Kali ini saya akan melirik sekilas dan menuliskannya di sini tentang Tinker.

Tinker adalah aplikasi pemodelan molekul yang aslinya tanpa GUI (Graphical User Interface). Jadi hanya dengan mengahadapi layar kosong dengan kedipan kursor saja. Bagi kita yang belum familiar tentu akan banyak mengalami kesulitan dalam menggunakannya. Oleh karena itu kini sudah ada yang menyediakan Tinker dengan GUI yang dinamakan Force Field Explorer (FFE). Selama pengembangannya tentu saja dilakukan perbaikan terus menerus dan kita yang menikmati untuk menggunakannya. GUI dari Tinker ini dibangun melalui pemrograman Java, namun dalam paket installernya juga sudah tersedia installer java yang dijanjikan tidak mengganggu kinerja Java yang sudah kita install sebelumnya.

Software ini adalah gratis untuk didownload dan digunakan (saat saya menuliskan ini), tidak tahu nantinya apakah akan gratis terus atau akan dikomersialkan. Oleh karena itu segera kunjungi web penyedia-nya dan unduh aplikasi yang kita perlukan disesuaikan dengan sistem operasi komputer yang kita gunakan. Aplikasi ini bisa dijalankan pada sistem operasi kebanyakan, baik Windows, Linux, maupun Mac. Tersedia untuk sistem operasi 32 bit maupun 64 bit. Pranala untuk mengunduh (download) ada pada paling bagian bawah tulisan ini.

Force field (medan gaya) sendiri memiliki arti dalam konteks pemodelan molekul, yang mengacu pada bentuk dan parameter dari fungsi matematika yang digunakan untuk menggambarkan energi potensial dari sebuah sistem partikel (biasanya molekul dan atom). Fungsi medan gaya dan set parameter berasal dari kerja eksperimental dan perhitungan mekanika kuantum tingkat tinggi. Menurut persepsi saya, dengan FFE ini diharapkan dapat mengekplorasi kekuatan medan gaya untuk menyingkap karakter molekul, prilaku dan sifat-sifatnya secara kalkulatif matematika.

Berdasarkan manual dari FFE dijelaskan bahwa FFE ini bertujuan untuk menciptakan lingkungan yang kuat untuk komputasi kimia dan aplikasi teknik molekuler. Adapun fitur yang dimiliki FFE saat ini meliputi:

·         Setup dan visualisasi real-time dari rutinitas pemodelan, termasuk optimasi lokal/global , metode pengambilan sampel, superposisi, dan lain-lain

·         Dasar visualisasi 3D molekul (wireframe, spacefilling, bola & tongkat, dan lain lain) dengan fitur khusus untuk parameter medan gaya tertentu seperti jari-jari Lennard-Jones dan besaran muatan parsial.

·         Sebuah editor yang komprehensif untuk file-file Tinker, yang berisi parameter yang mengontrol algoritma pemodelan.

·         Tinker pemutaran trajektori.